En el inicio de la década de los 90, la Afición Rayada se encontraba optimista por el futuro del equipo.

Grupo ABACO había iniciado su relación con el equipo como patrocinador en la Temporada 1989-1990 y, a partir de la Temporada 1990-1991,  tomó el control del Club y armó un gran plantel para pelear por el título.

Llegaron Manuel Negrete y Carlos Hermosillo, dos de los mejores jugadores mexicanos del momento, y Alejandro Hisis, seleccionado chileno. Pedro García se hizo cargo de la dirección técnica de este poderoso plantel que se convirtió en un candidato al título.

Ese Monterrey que ganaba, gustaba y goleaba fue apodado “La Aplanadora” y terminó en el segundo lugar de la tabla general, pero no tuvo una buena Liguilla.

Al terminar la temporada, llegó al banquillo el entonces técnico campeón del futbol mexicano: Miguel Mejía Barón, quien trajo a jugadores como Memo Vázquez y Luis Antonio “Cadáver” Valdez.

El domingo 8 de septiembre de 1992, los Rayados doblegaron a las Cobras de Ciudad de Juárez 4-2 en el Estadio Tecnológico con dobletes de Germán Ricardo Martellotto y Guillermo Vázquez, para lograr el primer título de Copa de su historia.

Rayados renovó al plantel con jugadores mexicanos como Porfirio Jiménez y José Antonio “Tato” Noriega, así como el argentino Sergio Verdirame, el brasileño Carlos Alberto Bianchezi “Careca” y el portero paraguayo Rubén “La Bomba” Ruiz Díaz.

Ese Monterrey de Mejía Barón logró ligar 16 partidos sin conocer la derrota, pero a mitad de la Temporada 1992-1993 el entrenador dejó su cargo para dirigir a la Selección Mexicana.

Su lugar en Rayados lo tomó su auxiliar Hugo Hernández. Luego de vencer a los Tecos de la UAG en Cuartos de Final, los Rayados eliminaron al América en una Semifinal cardíaca.

En la Final, Rayados perdió ante el Atlante y se quedó con el subcampeonato. La Afición Rayada alentó al equipo hasta el final y reconoció al rival con aplausos durante la vuelta olímpica.

En agosto de 1993, Rayados clasificó al cuadrangular final de la Recopa de Concacaf, el cual se disputó en Los Ángeles, California.

Con un doblete de Sergio Verdirame y goles de Gerardo Jiménez y Luis Hernández, el Monterrey venció 4-3 al Luis Ángel Firpo de El Salvador el 1 de  agosto de 1993, para ganar su primer título internacional.

La segunda mitad de la década fue complicada. El grupo empresarial que administraba al Club enfrentó problemas económicos, lo que terminó impactando en lo deportivo.

El Monterrey se salvó del descenso en un dramático partido disputado el 9 de mayo de 1999 contra el Puebla. El partido terminó en empate y el club poblano descendió por diferencia de goles.

Pese a este crítico momento en la Liga, Rayados clasificó a la Copa Libertadores y el 25 de marzo de 1999 se convirtió en el primer equipo mexicano en ganar como visitante en el certamen sudamericano, al vencer en el mítico Estadio Centenario a un equipo histórico: el Nacional de Uruguay.

Luego de este periodo incierto, llegaron buenas noticias para la Afición Rayada: FEMSA, empresa regiomontana con más de 100 años de existencia exitosa, recibió la administración del Monterrey.

FEMSA rescató al Club de las dificultades económicas y lo fortaleció en lo deportivo, administrativo e institucional.

En 1999, la nueva directiva contrató al famoso técnico español Benito Floro, quien había dirigido al Real Madrid.

El panorama, de cara al nuevo siglo, lucía alentador para la Afición Rayada. Una nueva era estaba comenzando.